19 tổ chức Cao Đài (Tổ Đình, Thánh thất, Thánh Tịnh, Nhà Đàn, Cơ quan) hoạt động độc lập, đã được chính quyền công nhận về tổ chức[4] Cao Đài mười hai chi phái
Cao Đài Đại Đạo Chiếu Minh Tam Thanh Vô Vi – Thánh Đức Tổ Đình Cần Thơ (Công văn số 39/1998/CV-TG ngày 18/4/1998 của Ban Tôn Giáo tỉnh Cần Thơ)
Thánh thất Liên Hoa Cửu Cung Thiên Đạo Học Đường – TP. Hồ Chí Minh (Quyết Định số 329/QĐ-CN ngày 30/8/1999 của UBND TP. Hồ Chí Minh)
Chiếu Minh Đàn Chợ Lớn – Cao Đài Chiếu Minh Tam Thanh Vô Vi TP. Hồ Chí Minh (Quyết Định số 330/QĐ-CN ngày 30/8/1999 của UBND TP. Hồ Chí Minh)
Thánh thất Bàu Sen – TP. Hồ Chí Minh (Quyết Định số 346/QĐ-TG ngày 4/9/1999 của Ban Tôn Giáo - Dân tộc TP. Hồ Chí Minh)
Cơ quan Phổ Thông Giáo Lý Đại Đạo – TP. Hồ Chí Minh (Quyết Định số 301/QĐCN ngày 02/8/2000 của Ban Tôn Giáo - Dân tộc TP. Hồ Chí Minh)
Cao Đài Chiếu Minh Giáo Tòa Vĩnh Long (Công văn số 232/QĐ.HĐTG.BTG.2000 ngày 9/10/2000 của Ban Tôn Giáo tỉnh Vĩnh Long)
Nam Thành Thánh thất TP. Hồ Chí Minh (Quyết Định số 183/QĐ-CN ngày 12/4/2002 của Ban Tôn Giáo - Dân tộc TP. Hồ Chí Minh)
Thánh Tịnh Tân Minh Quang TP. Hồ Chí Minh (Quyết Định số 107/QD0-TG ngày 9/12/2002 của Ban Tôn Giáo - Dân tộc TP. Hồ Chí Minh)
Tây Thành Thánh thất – Cao Đài Thượng đế - Cần Thơ (Công văn số 563/UB ngày 24/2/2003 của UBND Thành phố Cần Thơ)
Chiếu Minh Tự - Cao Đài Thượng đế - Vĩnh Long (Quyết Định số 220/QĐ-HĐTG ngày 13/4/2005 của Ban Tôn Giáo - Dân tộc tỉnh Vĩnh Long)
Thánh Tịnh Thượng Linh Đàn – Vĩnh Long (Quyết Định số 1301/QĐ.UBND ngày 20/6/2006 của UBND tỉnh Vĩnh Long)
Thánh Tịnh Chiếu Minh – Cao Đài Chiếu Minh Tam Thanh Vô Vi – Bình Dương (Quyết Định ngày 21/12/2006 của UBND tỉnh Bình Dương)
Thánh Tịnh Tân Chiếu Minh – Cao Đài Chiếu Minh Tam Thanh Vô Vi – Vĩnh Long (Quyết Định số 2276/QĐ-UBND ngày 5/11/2007 của UBND tỉnh Vĩnh Long)
Cao Thượng Bửu Tòa - Bạc Liêu (Công văn số 906/UBND-VX ngày 7/7/2008 của UBND tỉnh Bạc Liêu)
Thánh Tịnh Huỳnh Quang Sắc – TP. Hồ Chí Minh (Công văn số 5757/UBND-PCNC ngày 11/9/2008 của UBND TP. Hồ Chí Minh)
